เมื่อ สตาร์ดัสท์ดราก้อน การ์ดประจำตัวของ ฟุโด ยูเซย์ ถูก พาราด็อกซ์ ศัตรูปริศนาจากอนาคต ช่วงชิงไป ยูเซย์ จึงหาทางย้อนเวลาเพื่อตามล่า พาราด็อกซ์ จนได้พบกับ ยูกิ จูได และดูเอลลิสท์ระดับตำนานผู้เป็นราชาแห่งเกม มุโต ยูกิ เหล่าดูเอลลิสท์ทั้งสามคนจึงได้เปิดฉากการต่อสู้อันดุเดือด ต่อกรกับ พาราด็อกซ์ เพื่อปกป้องมวลมนุษยชาติ